По идее, такие вопросы могут решать и в строительных компаниях, но мне кажется, что лучше искать профильных специалистов. К примеру, насколько я знаю, то в компетенцию компании Стандарт Климат входят услуги по установке вентиляции в Москве Если я не ошибаюсь, то у них можно даже индивидуальный проект заказать.

Все зависит от того, что именно вы хотите получить, если индивидуальный проект, то наверное, стоит искать профильную компанию по вентиляции. Если же просто нужно подкорректировать готовую систему, то можно и ремонтной бригадой обойтись.