Если ваша труба из кирпича и обычная, то вам проще было бы сделать фартук из того же кирпичика, который выступает за пределы стенки на 5 см. Делать фартук необходимо наклонно, а не горизонтально, с углом самой крыши. Устанавливать надо на 5 см выше плоскости вашей кровли. Затем под сам фартук необходимо закрепить жестяные отливы. Многие мои знакомые делали трубы именно таким методом. За 10 лет я переложил трубу у родителей в доме и в бане. Делал точно так же, как и описал только что. Никаких протечек за много лет не было. По поводу герметиков вообще не знаю что сказать. Как вы загерметизируете стыки трубы из кирпича и шифера на кровле?